当書庫では２０１５年度末で完全引退することが決定しているJR東海のキハ４０系について紹介していきます。まず最初に国鉄時代から現在までのJR東海のキハ４０系の歴史について紹介していきます。なお本文中に記載の車両配置区所名称・路線名称・車両番号は運用当時の名称・番号で記載してあります。また本書庫作成に当たり下記の文献を参考にさせていただきました。
・特集「キハ４０系（１）」 鉄道ピクトリアルＮｏ，８０５ 電気車研究会 ２００８年７月発行
・特集「キハ４０系（２）」 鉄道ピクトリアルＮｏ，８０６ 電気車研究会 ２００８年８月発行
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＜ＪＲ東海のキハ４０系 －歴史編－＞
１・美濃太田機関区とキハ４０系
ＪＲ東海のキハ４０系の歴史は１９７９年にまでさかのぼる。１９７９年度に寒冷地向けの片運転台車としてキハ４８形が登場、キハ４８形のトップを切って１９７９年６月にトイレ付のキハ４８ ５００番代車８両（５０１～５０８）が新製され仙台鉄道管理局小牛田機関区と秋田鉄道管理局山形機関区に４両ずつが配置された。この８両からやや遅れて１９７９年７月にキハ４８ ５０９～５１４の６両が富士重工業宇都宮製作所で竣工、１９７９年７月１７日付で名古屋鉄道管理局美濃太田機関区に配置された。さらにやや遅れて１９７９年７月にトイレなしのキハ４８形１５００番代車１９両が新製されるが、このうちキハ４８ １５１５～１５１９の５両が富士重工業宇都宮製作所で竣工し１９７９年７月３０日付で美濃太田機関区に配置、１９７９年秋から営業運転を開始した。
当時の美濃太田機関区配置のローカル列車用ディーゼルカーは高山線岐阜－猪谷間と太多線・樽見線・越美南線で運用されたほか、関西線名古屋－亀山間のローカル列車の一部運用が美濃太田機関区受け持ちとされたことから関西線名古屋－亀山間で運用され、キハ２０系・キハ３５系を置き換えた。
なお美濃太田機関区ではこのほか明知線を受け持っていたが、明知線では３３‰の急勾配区間が介在し、キハ５２形限定で車両運用が組まれたため明知線では原則としてキハ４０系が営業運転に入ることはなかった。
この後美濃太田機関区には１９７９年１２月６日付でキハ４８ ５２４～５２９の６両、１９７９年１２月１７日付でキハ４８ ５３０とキハ４８ １５２６～１５２９の５両、１９８０年２月１５日付でキハ４８ ５３１・５３２とキハ４８ １５３０・１５３１の４両がそれぞれ富士重工業宇都宮製作所で竣工、１９７９年１２月２４日付でキハ４８ １５２３～１５２５の３両が新潟鐵工所大山工場で竣工、新製配置された。これら１８両は側面前位寄りの縦樋が外付け式から乗務員室付近に内蔵する方式に変更されたため導入第１陣となった１１両との識別点となった。
一方キハ４０形の配置はキハ４８形の初配置から半年近く遅れて寒冷地仕様車のキハ４０形５００番代車５５４～５５８の５両が新潟鐵工所大山工場で竣工、１９８０年２月８日付で新製配置された。
さらにキハ４０系の増備は続き、１９８０年６月２４日付でキハ４８ ５４１～５４３とキハ４８ １５３６～１５３８の６両が新潟鐵工所大山工場で、１９８０年６月２７日付でキハ４０ ５７６・５７７の２両が富士重工業宇都宮製作所でそれぞれ竣工、新製配置され配置総数４２両となった。
そして１９８１年度にもキハ４０系が増備されたが、この時の増備車では寒冷地仕様車から一転して暖地向け車両が新製配置された。これによりキハ４８形は寒冷地仕様を一部省略し、コイルばね台車ＤＴ２２Ｄ／ＴＲ５１Ｃを装備した新番台区分：キハ４８形０番代・キハ４８形１０００番代車が登場、キハ４８ １～３とキハ４８ １００１・１００２の５両が富士重工業宇都宮製作所で竣工、１９８１年７月１７日付で新製配置された。またキハ４０形は暖地向け仕様車：２０００番代車が初めて配置され、キハ４０ ２１２９～２１３１の３両が富士重工業宇都宮製作所で竣工、１９８１年５月３０日付で新製配置された。そしてこの時の増備車８両の新製配置をもって美濃太田機関区へのキハ４０系の新製配置は完了し、５０両の配置で運用されることとなった。
しかし、５０両配置の体制は長くは続かなかった。１９８２年５月１７日に関西線名古屋－亀山間が電化開業し、この日から１１３系電車の営業運転が開始された。そして関西線名古屋－亀山間電化開業に伴う運用減少によりキハ４０ ５５４～５５８の５両が捻出され長野鉄道管理局長野運転所へ管外転出、飯山線で新たな活躍を始めることとなる。
こうして４５両体制で運用された美濃太田機関区のキハ４０系だが、１９８４年１０月５日に樽見線が廃止（第３セクター鉄道：樽見鉄道へ転換）され、運用線区は高山線岐阜－猪谷間と太多線・越美南線の３線区へ縮小された。
そして国鉄最後のダイヤ改正となった１９８６年１１月１日実施のダイヤ改正に合わせて名古屋鉄道管理局ではローカル列車の側面行先サボを廃止、前面方向幕に行先を表示するように変更された。美濃太田機関区の受け持ち線区では越美南線が第３セクター鉄道への転換を控えていたが、例外なく前面方向幕に行先を表示することとなったため第３セクター鉄道への転換までの約１ヶ月強“北濃”“美濃白鳥”の行先方向幕を掲げたキハ４０系の姿が見られた。また相前後してキハ４０形・キハ４８形全車の前位寄側引戸窓に取り付けられていた保護柵が撤去された。
国鉄最後のダイヤ改正実施から間もない１９８６年１２月１０日には越美南線が廃止（第３セクター鉄道：長良川鉄道へ転換）され、美濃太田機関区のキハ４０系の運用範囲は高山線岐阜－猪谷間と太多線の２線区に縮小、そのまま国鉄分割民営化を迎えることとなる。
２・伊勢運転区とキハ４０系
一方紀勢線亀山－新宮間と参宮線・名松線を受け持っていたのが伊勢運転区である。国鉄時代伊勢運転区は天王寺鉄道管理局の所管であったが、キハ４０系の配置は１９７９年度にキハ４０形３両が配置されたのが始まりである。
伊勢運転区のキハ４０系の配置は両運転台車のキハ４０形のみで、第１陣としてキハ４０ ２０５７～２０５９の３両が新潟鐵工所大山工場で竣工、１９８０年２月９日付で新製配置された。続いて１９８１年度にはキハ４０ ２１３３・２１３４の２両が富士重工業宇都宮製作所で竣工、１９８１年１２月４日付で新製配置され紀勢線亀山－新宮間・参宮線・名松線でキハ５８系・キハ３５系・キハ４５系と混用で運用された。
なお伊勢運転区ではこのほか伊勢線を受け持っていたが、伊勢線はキハ３０形で限定運用が組まれたため原則としてキハ４０系が伊勢線で営業運転に入ることはなかった。
キハ４０形５両配置で推移していたが、１９８４年にキハ４０ ２０５８・２０５９の２両が天王寺鉄道管理局亀山運転区へ管内転出し３両配置に減少するも、１９８５年には奈良線電化開業を受けて天王寺鉄道管理局奈良運転所からキハ４０ ２１１１～２１１３の３両（新潟鐵工所大山工場で竣工、１９８１年４月２７日付で奈良運転所に新製配置）が管内転入、さらに国鉄最後のダイヤ改正となった１９８６年１１月１日実施のダイヤ改正時には天王寺鉄道管理局亀山運転区からキハ４０ ２０２７～２０３２の６両（新潟鐵工所大山工場で竣工、１９７９年１１月１３日付で亀山運転区に新製配置）とキハ４７ １１０９・１１１０の２両（新潟鐵工所大山工場で竣工、１９８１年７月１７日付で福知山機関区に新製配置、１９８４年度に豊岡運転区へ管内転属、１９８５年度に天王寺鉄道管理局亀山運転区へ管外転属）が管内転入したほか、福知山鉄道管理局福知山機関区からキハ４７ ３・４の２両（新潟鐵工所大山工場で竣工、１９７７年２月４日付で福知山機関区へ新製配置）が、福知山鉄道管理局豊岡運転区からキハ４７ １０２７（富士重工業宇都宮製作所で竣工、１９７９年１月２２日付で福知山機関区に新製配置）が管外転入、さらに１９８４年に亀山運転区へ管内転出したキハ４０ ２０５８・２０５９の２両が返り咲きを果たし１９両配置で運用されたが、国鉄分割民営化直前の１９８７年３月にキハ４０ ２０２７～２０２９・２１３３・２１３４の５両が亀山運転区へ転出、１４両配置で国鉄分割民営化を迎えることとなる。
なお伊勢運転区は国鉄分割民営化直前の１９８７年３月１日付で天王寺鉄道管理局から名古屋鉄道管理局へ所管局が変更されると同時に伊勢運転所へ改称され、、所属区表記は“天イセ”から“名イセ”に変更された。
３・ＪＲ東海発足～冷房改造車と塗装変更車の登場
１９８７年４月１日、日本国有鉄道は６つの旅客鉄道会社と１つの貨物鉄道会社に分割され、美濃太田運転所と伊勢運転所はＪＲ東海に承継された。そしてキハ４０系は５９両がＪＲ東海へ承継され高山線・太多線・紀勢線亀山－新宮間・参宮線・名松線の５線区で運用されることとなった。
ＪＲ東海発足から間もない１９８８年度には１９８８年３月１３日実施のダイヤ改正に合わせてキハ４０ ２１１３が伊勢運転所から美濃太田運転所へ転属したほか、キハ４０系で初の冷房改造車が登場した。キハ４０系の冷房改造は国鉄時代末期に鹿児島鉄道管理局管内に配置された一部車両でサブエンジンクーラーを使用した冷房改造が初めて実施され、国鉄分割民営化後ＪＲ東日本承継車とＪＲ九州承継車でサブエンジンクーラーを使用した冷房改造が本格的に開始されたが、ＪＲ東海では１９８８年７月に全般検査を受けた美濃太田運転所配置のキハ４８ ５１１とキハ４８ １５１６の２両に冷房改造を実施した。
２両ともサブエンジンクーラーを搭載する方式であるが、ＪＲ東日本・ＪＲ九州のキハ４０系冷房改造車と異なる点としては暖房装置は温風暖房をそのまま使用するため床下の熱交換器は撤去せず存置しており、ブレーキ制御装置・機関用水タンク・Ｓ抑圧装置・複式逆止弁・抑圧装置の各機器を移設した上でサブエンジンクーラー本体を搭載した。
一方車内の冷風吹き出しは２種類が用意された。キハ４８ ５１１は車内天井肩部にクーリングユニットを４基千鳥配置、キハ４８ １５１６は車内天井中央部線路方向に冷風ダクトを配置する方式で、いずれも冷風を攪拌するため扇風機は存置された。この２種類で比較検討が行われた。
さらに１９８８年１１月に全般検査を実施した美濃太田運転所配置のキハ４８ ５２８では車体塗装が変更された。ＪＲ東海のキハ４０系は全車朱色５号１色塗りで運用されていたが、キハ４８ ５２８ではアイボリーにオレンジとグリーンの“湘南色”の帯を入れた“ＪＲ東海色”に塗装変更されて出場、遅れて１９８８年１２月には伊勢運転所配置のキハ４０ ２０３０がキハ４０形で初めて“ＪＲ東海色”に塗装変更されたが、２両とも冷房改造は実施されず非冷房のまま出場している。
４・伊勢運転所にキハ４８形初配置される
ＪＲ東海のキハ４０系で大きな動きがあったのが１９８９年３月１１日実施のダイヤ改正時である。１９８９年３月１１日実施のダイヤ改正に合わせて軽快型ディーゼルカー：２代目キハ１１形３３両が新製され伊勢運転所に１０両、美濃太田運輸区（１９８９年３月実施のダイヤ改正に合わせて美濃太田運転所から改称）に２３両が新製配置された。そして２代目キハ１１形の営業運転開始に合わせて美濃太田運輸区ではキハ４０系の運用が減少し、捻出されたキハ４０系１１両が伊勢運転所へ転属しキハ５８系の一部とキハ３０形を置き換えた。そしてこの転属で伊勢運転所にキハ４８形が初めて配置されることとなった。
伊勢運転所へ転属したのはキハ４８ ５２６～５３０・キハ４８ １５２３・１５２４・１５３６～１５３８とキハ４０ ２１２９の１１両で、前年に“ＪＲ東海色”に塗装変更されたキハ４８ ５２８は塗装変更からわずか４ヶ月で転属となった。
一方美濃太田運輸区からの転入車１１両を受けた伊勢運転所では１９８９年３月１１日のダイヤ改正で名松線の全列車が２代目キハ１１形での運転となり、キハ４０系の定期運用が消滅し運用範囲は紀勢線亀山－新宮間と参宮線の２線区に縮小された。
５・冷房改造の本格開始とエンジン換装車の登場
ＪＲ東海のキハ４０系は１９８８年度にキハ４８形２両で冷房改造が試験的に実施されたが、その結果１９８８年度下期からキハ４７形・キハ４８形を対象に冷房改造が本格的に開始された。
冷房改造に際してはキハ４８ ５１１で採用された車内天井肩部にクーリングユニットを４基千鳥配置する方式が採用され、１９８９年２月に全般検査を受けたキハ４８ ３を皮切りに全般検査併施で冷房改造が実施され、同時に“ＪＲ東海色”への塗装変更も実施された。
一方キハ４０形は“ＪＲ東海色”への塗装変更が先行して実施されたが、伊勢運転所配置車を対象に１９８８年度下期から冷房改造に着手した。
冷房改造に合わせて車両性能向上を図るべくエンジン・液体変速機の換装も実施された。エンジンは特急型ディーゼルカー：キハ８５系で搭載されているカミンズ製のＣ－ＤＭＦ１４ＨＺ（３５０ＰＳ／２，０００ｒｐｍ）に換装、併せて液体変速機は直結２段式のＣ－ＤＷ１４Ａへ換装した。
また冷房改造についてはキハ４７形・キハ４８形と異なり１１３系・１１５系冷房改造車で採用されたインバータクーラー：Ｃ－ＡＵ７１１Ｄを屋根上に２基搭載、冷房用電源はエンジンに直結した充電発電機からＤＣ６００Ｖを得る方式とした。
キハ４０系のエンジン換装車は１９８９年３月にキハ４０ ２０５８が全般検査併施で冷房改造とエンジン換装が実施され、車番は元番号に３０００をプラスしてキハ４０ ５０５８へ改番された。以後伊勢運転所配置のキハ４０形は２０３０～２０３２・２０５９・２１２９の５両に対して冷房改造とエンジン換装が実施され、キハ４０ ５０３０～５０３２・５０５９・５１２９へ改番された。
６・伊勢運輸区のキハ４８形激減
１９８９年３月１１日実施のダイヤ改正時に美濃太田運輸区から伊勢運輸区（１９９０年３月に伊勢運転所から改称）へキハ４８形１０両とキハ４０形１両が転属したのだが、翌１９９０年３月１０日実施のダイヤ改正で再び動きがあり、キハ４８形８両が美濃太田運輸区へ帰り咲いたほか、キハ４０形はエンジン換装未施工の３両（キハ４０ ２０５７・２１１１・２１１２）が美濃太田運輸区へ転属、これにより伊勢運輸区のキハ４８形は５２６・１５２４の２両配置に激減した。
伊勢運輸区から美濃太田運輸区へのキハ４８形の転属は高山線美濃太田以北のローカル列車におけるトイレ対策であったといわれている。１９８９年３月１１日実施のダイヤ改正に合わせて新製投入された２代目キハ１１形は近距離での運用を想定し全車トイレなしで登場した。しかし、高山線美濃太田以北のローカル列車では３時間から４時間近くローカル列車の運行がない時間帯が存在することや、岐阜－高山間で４時間近く掛けて運転される列車の中にトイレなしとなる列車も存在し、利用客から不評を買う結果となった。
そこで高山線美濃太田以北のローカル列車については１９９０年３月１０日実施のダイヤ改正で２代目キハ１１形の運用の大半をキハ４０系に置き換えることとなり、伊勢運輸区からキハ４０系１１両が転属、差し替えで２代目キハ１１形６両（キハ１１－１０７～１１２）が伊勢運輸区へ転属した。
そしてキハ４０形の冷房改造は１９９０年度分で１９９０年８月に全般検査を実施したキハ４０ ５７７を皮切りに美濃太田運輸区配置車で実施されたが、伊勢運輸区配置車と異なりエンジン換装は見送られ、サブエンジンクーラーを使用しての冷房改造が実施された。
またＪＲ東海のキハ４０系は伊勢運輸区配置のキハ４０形の一部車両で国鉄時代末期に列車無線アンテナが取り付けられたが、１９９０年３月１０日実施のダイヤ改正時までに全車に対して列車無線アンテナの取り付けが実施された。
７・名古屋車両区にキハ４０系初配置される
１９９０年３月１０日実施のダイヤ改正時点では美濃太田運輸区に４７両、伊勢運輸区に１２両が配置されていたが、１９９１年３月１６日実施のダイヤ改正で武豊線の朝ラッシュ時の輸送力列車にキハ４０系を充当することとなり伊勢運輸区から名古屋車両区にキハ４７形５両とキハ４８形２両が転属、名古屋車両区に初めてキハ４０系が配置されることとなった。その一方で伊勢運輸区ではキハ４７形・キハ４８形の配置がなくなった。
名古屋車両区に配置されたキハ４７形・キハ４８形の運用は平日・土曜休日とも朝間帯のみで、編成の前後にキハ５８系２連（キハ５８形＋キハ６５形の２連を含む）を連結して６連～８連で運用されたため先頭車として運用されることはなかった。
８・東海交通事業への貸し出しとワンマン化改造車の登場
１９９１年度にはＪＲ東海のキハ４０系で初めてワンマン化改造車が登場した。最初にワンマン化改造を受けたのは美濃太田運輸区配置のキハ４０ ２０５７・２１１２の２両で、改造内容は乗務員室仕切戸改造・運転席背面仕切窓新設・車内確認用ルームミラー新設・自動放送装置新設・デットマン装置新設・運賃箱新設・整理券発行機新設などで、キハ４０ ２０５７は冷房改造も合わせて実施された。またトイレは使用停止とされ開戸が撤去（化粧板で塞ぐ改造を実施）されたほか、簡易ステップレス化改造も実施、車体塗装はアイボリーとオレンジのツートンカラーに変更された。
この２両はＪＲ東海の子会社：東海交通事業が自社の鉄道路線となる城北線勝川－尾張星の宮間９．４ｋｍの暫定開業用として名古屋車両区へ転属した上で東海交通事業に貸し出され、１９９１年１２月１日から城北線で営業運転を開始した。１９９３年３月の尾張星の宮－枇杷島間延長開業後ＪＲ東海へ返却された。
その後１９９１年度下期には名古屋車両区配置のキハ４８ １５２４と美濃太田運輸区配置のキハ４８ １５２８の２両に対して全般検査併施でワンマン化改造が実施された。ワンマン化改造の内容は前出のキハ４０ ２０５７・２１１２の２両に準じているが、側面客扉付近に車外スピーカーが新設されたほか、前面ガラスは熱線入りガラスに交換され電熱式デフロスタを撤去、車内は客室とデッキとの仕切壁が撤去された。
また１９９２年３月１４日実施のダイヤ改正に合わせて伊勢運輸区のキハ４０ ５０５９が美濃太田運輸区に転属し、高山線・太多線で営業運転を開始した。
９・武豊線のワンマン化とキハ４０系
武豊線では１９９１年３月１６日実施のダイヤ改正時にキハ４７形５両とキハ４８形２両が朝ラッシュ時の輸送力列車で運用を開始したが、１９９２年１０月１２日から早朝・深夜の一部列車と日中の列車を対象にワンマン運転が開始された。そして武豊線のワンマン運転開始に合わせてキハ４０系１１両にワンマン化改造を実施した上で名古屋車両区に配置、武豊線に投入した。
武豊線のワンマン化に際しては名古屋車両区に配置されていたキハ４８ ５２６・１５２４と美濃太田運輸区に配置されていたキハ４８ ５２９・５３１・５３２・５４１・１５２３・１５２８～１５３０・キハ４０ ５０５９の１１両を対象にワンマン化改造を実施（うちキハ４８ １５２４・１５２８の２両は１９９１年度下期に先行してワンマン化改造を実施）、うちキハ４８形５００番代車５両についてはワンマン化改造実施に合わせてエンジン・液体変速機の換装も実施され車番は元番号に３０００をプラスしてキハ４８ ３５２６・３５２９・３５３１・３５３２・３５４１へ改番された。
１０・エンジン換装の本格実施と大規模改番の実施
ＪＲ東海のキハ４０系のエンジンはキハ４０形６両とキハ４８形５両にカミンズ製のＣ－ＤＭＦ１４ＨＺを換装したほかはオリジナルのＤＭＦ１５ＨＳＡを搭載していたが、車両性能向上と保守合理化を企図してカミンズ製エンジンへの換装を進めることとなり、１９９４年度下期からエンジン換装未施工となった４８両全車を対象に全般検査併施でエンジン換装を実施した。
１９９４年度下期以降のエンジン換装では快速“みえ”用として登場したキハ７５系で搭載しているＣ－ＤＭＦ１４ＨＺＢ（３５０ＰＳ／２，０００ｒｐｍ）へ換装、併せて液体変速機は直結２段式のＣ－ＤＷ１４Ａに換装した。
またエンジン換装に合わせて車番変更が実施されたが、すでにエンジン換装された車両とは異なり元番号に５０００（キハ４０形２０００番代車については４０００）をプラスした上で下２桁は元番号の番号順に０１から割り振る方式で改番が実施された。
なおエンジン換装は１９９９年７月に全般検査を受けたキハ４７ ６００１（←キハ４７ １０２７より改番）を最後に５９両全車の換装が完了した。
１１・武豊線の撤退と高山線美濃太田以北のワンマン化実施
ＪＲ東海のキハ４０系は１９９９年度首時点で名古屋車両区に１６両、美濃太田運輸区に３８両、伊勢運輸区に５両が配置されていたが、１９９９年１２月４日実施のダイヤ改正で大きな動きがあった。
１９９９年１２月４日実施のダイヤ改正に合わせてキハ７５系２次車２８両が新製され、名古屋車両区に配置された。そして１９９９年１２月４日実施のダイヤ改正に合わせて武豊線は全列車キハ７５系での運用となり、名古屋車両区に配置されていたキハ４０系１６両は全車が美濃太田運輸区へ転出、併せて高山線美濃太田－高山間でワンマン運転が開始された。この転属により名古屋車両区ではキハ４０系の配置がなくなった。
高山線美濃太田－高山間のワンマン化に際しては武豊線で運用されていたキハ４０系ワンマン化改造車１１両が美濃太田運輸区へ転属したが１１両だけでは所要車両数が不足するため１９９９年度にキハ４０形５両とキハ４８形２両を対象に追加でワンマン化改造を実施、ワンマン化改造車１８両で運用されることとなった。またこれら１８両は冬季における車内保温対策としてドア開閉用押しボタンを設置した電気式半自動ドア化改造も実施され、車内外にドア開閉用押しボタンが新設され、車番については新たに３００をプラスし新番台区分としてキハ４８形５８００番代車・キハ４８形６８００番代車・キハ４０形５８００番代車・キハ４０形６３００番代車が登場、キハ４８形３５００番代車５両についてはキハ４８形３８００番代車へ改番された。
また武豊線の朝ラッシュ時の輸送力列車で運用されたキハ４７形５両も美濃太田運輸区へ転属し、１９９９年１２月４日実施のダイヤ改正から高山線岐阜－飛騨金山間と太多線で営業運転を開始した。
その一方で名古屋車両区から美濃太田運輸区へキハ４０系１６両が転属したのだが、押し出される形でキハ４０形２両とキハ４８形１４両が伊勢運輸区へ転属となった。これら１６両は紀勢線亀山－新宮間のローカル列車で運用されていたキハ５８系の老朽取り換え用として転属したもので、キハ４８形では準寒冷地仕様としたキハ４８形５０００番代車（←キハ４８形０番代車）・キハ４８形６０００番代車（←キハ４８形１０００番台車）５両中４両が伊勢運輸区へ転じたほか、キハ４８形５５００番代（←キハ４８形５００番代車）・キハ４８形６５００番代車（←キハ４８形１５００番代車）の初期ロット車１１両中５両も伊勢運輸区へ転属した。
その後２００１年３月３日から紀勢線多気－新宮間でワンマン運転が開始されることとなり、２０００年度に伊勢運輸区配置のキハ４０系９両を対象にワンマン改造を実施したほか、２００３年１０月１日実施のダイヤ改正から高山線高山－猪谷間でワンマン運転を開始されることとなり、２００２年度と２００３年度にも追加でワンマン化改造を実施したため最終的にキハ４０形１４両中８両とキハ４８形４０両中３１両がワンマン対応車となった。また同時期にキハ４７形・キハ４８形では車両の向きが統一され、東海道線内基準でトイレ付車は米原方、トイレなし車は豊橋方にそれぞれ統一されたほか、伊勢運輸区配置のキハ４０形では全車方向転換が実施された。
なお美濃太田運輸区・伊勢運輸区ともに２００１年４月１日付で乗務員部門と車両配置・車両検修部門が分離され美濃太田車両区・伊勢車両区に名称変更された。
１２・長期運用離脱車発生
ＪＲ東海のキハ４０系は５９両全車が一日も休むことなく高山線・太多線・紀勢線亀山－新宮間・参宮線で運用されていたが、２００４年に思わぬアクシデントで２両が長期運用離脱に追い込まれた。
２００４年１０月２２日、２００４年台風２３号が日本列島を縦断した。そして２００４年台風２３号による大雨によって高山線では高山－猪谷間で線路路盤流失や橋梁流失など甚大な被害を受けた。その後復旧工事が進められ高山－飛騨古川間は２００４年１１月１８日に、飛騨古川－角川間は２００５年１０月１日にそれぞれ復旧、運行が再開された。
しかし、角川－猪谷間の被害は甚大で、最終的に２００７年９月８日に運行再開となるまで約２年間運休となった。そして、この２００４年台風２３号による大雨の影響による線路路盤流失・橋梁流失の影響でキハ４８ ５８０３とキハ４８ ６８１０の２両が打保駅で運転抑止となり、身動きが取れなくなった。
この２両は大雨の影響で打保駅で運転抑止が掛かりそのまま停車していたが、前後の区間で線路路盤流失・橋梁流失の被害を受けたため身動きが取れなくなった。
その後この２両は分割され富山方と岐阜方にあるスノーシェッドに収容され復旧の時を待つこととなった。
そして角川－猪谷間の線路設備の復旧完了を受けて２００７年２月９日に搬出された。ただ、２両とも全般検査期限切れとなったため角川駅北方までは自力走行で回送、角川駅北方からはディーゼル機関車牽引で高山まで回送、２００７年２月１５日から１６日にかけて名古屋工場へ回送され全般検査を受け復帰した。
なおこの２両は全般検査出場と同時に伊勢車両区へ転属となったが、２００７年８月には美濃太田車両区へ転属となり、差し替えで美濃太田車両区からキハ４８ ５３０３とキハ４８ ６８０５の２両が伊勢車両区へ転属した。
１３・ツートンカラー車の登場
２０１１年に入ってからＪＲ東海のキハ４０系でツートンカラーに塗装変更された車両が登場した。２０１１年は７月２１日に参宮線全線開通から１００周年の節目を、また１０月２５日には高山線全線開通から７７周年の節目をそれぞれ迎え、参宮線全線開通１００周年記念のイベント列車と高山線全線開通７７周年記念のイベント列車に充当するため全般検査併施でツートンカラーへ塗装変更された。
ここでいう“ツートンカラー”はクリーム色５号と朱色５号との塗り分けのことで、旧国鉄一般型気動車標準色としてキハ２０系・キハ３５系・キハ４５系で採用されたものであったが、キハ４０系は全車朱色５号１色塗りで登場したためツートンカラー車は存在していなかった。ただし、キハ４０系類似の車体を持つ郵便荷物ディーゼルカー：キユニ２８形の初期車６両：キユニ２８ １～６はツートンカラーで登場しており、キユニ２８ １～６の再来を思い起こさせることとなった。
ツートンカラー車は美濃太田車両区のキハ４８ ３８１２が２０１１年４月に全般検査を受けた際にツートンカラーに変更されたのを皮切りに２０１１年６月には美濃太田車両区のキハ４８ ６８１２・キハ４０ ６３０９の２両と伊勢車両区のキハ４０ ３００５の３両が、２０１１年１２月には伊勢車両区のキハ４８ ６５０２がそれぞれ全般検査に合わせてツートンカラーに塗装変更された。
これら５両はＪＲ東海色のキハ４０系とペアを組んで高山線・太多線・紀勢線亀山－新宮間・参宮線で運用されたほか、時には“ツートンコンビ”を組んで定期列車やイベント列車に充当されることもあった。
１４・終焉の時を迎える
こうしてＪＲ東海のキハ４０系は５９両全車が一日も休むことなく運用され、また２０１４年８月１７日には美濃太田車両区のツートンカラー車３両が伊勢車両区へ貸出された上で伊勢車両区のツートンカラー車２両とペアを組み最初で最後となるツートンカラー車５連で運転、２０１４年１０月２５日に高山線全線開通８０周年を迎え関連イベントの一環として２０１４年度秋季の特定日にキハ４０系”トリプルツートン”も運転されたが、遂に終焉の時を迎えることとなった。
ＪＲ東海は２０１３年３月１４日付プレスリリースにおいて、２０１０年度に新製投入した２代目キハ２５系１次車をベースに新たな機能・設備を追加した２代目キハ２５系２次車５２両を新製投入し、キハ４０系を置き換えて更なる安全性の向上とサービスの向上を図ることを発表した。
そしてキハ４０系の老朽取り換え用となる２代目キハ２５系２次車の第１陣となる２代目キハ２５形１０００番代車＋１１００番代車２連６ユニット１２両が２０１４年９月と１１月の２回に分けて日本車輛製造豊川製作所で竣工、美濃太田車両区に配置され乗務員訓練を経て２０１４年１２月１日からキハ４８形２連ワンマン対応車５運用とキハ４７形２連１運用を置き換える形で営業運転を開始した。
２代目キハ２５系２次車の営業運転開始に伴い美濃太田車両区ではキハ４０系の運用が６運用減となり、キハ４０系６両が捻出された。捻出された６両のうちキハ４８ ６８０９と“ツートンカラー”車の１両であったキハ４８ ３８１２の２両は検査回帰に余裕があったため２０１４年１２月初旬に伊勢車両区へ転属となった。また全般検査期限切れ間近となったキハ４８ ６８０６・６８０７・６８１１とキハ４０ ６３０４の４両が廃車解体のため２０１４年１２月８日に東海道線西浜松へ廃車回送されたほか、キハ４８ ３８１２とキハ４８ ６８０９の２両の転入を受けた伊勢車両区では玉突きでキハ４８ ５３０３とキハ４８ ６８０５の２両が捻出され、２０１４年１２月中旬に廃車解体のため東海道線西浜松へ回送された。
年が明けた２０１５年３月１４日実施のダイヤ改正では美濃太田車両区のキハ４０系の運用が大幅に削減された。美濃太田車両区キハ４０系の運用は２０１４年１２月１日時点でキハ４７形２連２運用、キハ４８形２連ワンマン対応車５運用、キハ４８形２連非ワンマン車２運用、キハ４０形４運用で構成されていたが、２０１５年３月１４日実施のダイヤ改正に先駆けて２０１５年３月１日に電化開業した武豊線で運用されていたキハ７５系２４両と２代目キハ２５系１次車１０両が美濃太田車両区へ転属、うちキハ７５系２４両がダイヤ改正から営業運転を開始したことと２代目キハ２５系２次車２編成の追加投入もありキハ４８形２連非ワンマン車＋キハ４０形の併結３連２運用とキハ４０系２連ワンマン対応車５運用に縮小され、太多線での定期運用と高山線におけるキハ４０形の単行運用が消滅した。また５両のみの在籍であったキハ４７形は今回のダイヤ改正で定期運用が消滅した。
ここでキハ４０系は１２両が捻出されたが、検査回帰に余裕のあるキハ４８ ３８０９と高山線打保駅で長期留置となり２００７年２月に復帰したキハ４８ ６８１０の２両が２０１５年３月中旬に伊勢車両区へ転属したほかはすべて廃車となり、ミャンマー鉄道省へ譲渡された。そしてこの廃車発生でＪＲ東海からキハ４７形が形式消滅となった。
またキハ４８ ３８０９とキハ４８ ６８１０の２両を受けた伊勢車両区では玉突きでキハ４８ ５８０５とキハ４８ ６８０３の２両が捻出され、ミャンマー鉄道省へ譲渡された。
美濃太田車両区のキハ４０系は１８両配置１６両使用で最後の活躍を続けてきたが、２０１５年３月１４日実施のダイヤ改正後進められてきたキハ７５系２４両の寒冷地仕様への改造と２代目キハ２５系１次車１０両を対象に進められてきたドアステップ本設化改造工事が２０１５年６月下旬に全て完了した。これで美濃太田車両区のキハ４０系は２０１５年６月３０日の１７３１Ｄをもって営業運転を終了、国鉄時代から３６年にわたる活躍に終止符が打たれた。
美濃太田車両区のキハ４０系１８両のうち検査回帰に余裕があったキハ４０ ５５０１・キハ４８ ６５０１・キハ４８ ６８１２の３両については２０１５年７月４日から５日にかけて伊勢車両区へ転属となったほか２０１５年７月末までにすべて廃車となりミャンマー鉄道省へ譲渡された。また伊勢車両区へ転属した３両の玉突きでキハ４０ ３００５・キハ４８ ６００１・キハ４８ ６８１４の３両が２０１５年７月初旬で運用離脱、２０１５年８月１日付で廃車となりミャンマー鉄道省へ譲渡された。これでキハ４０形のツートンカラー車は２両揃って運用離脱、引退となったが、２０１５年７月１３日にはキハ４０ ３００５の最終運用となった９０８Ｃ（伊勢市６：２８発→亀山８：１７着／多気→亀山間９０８Ｄとして運転）～９２１Ｄ（亀山８：２３発→伊勢市１０：０１着）の１往復でキハ４８ ３８１２・キハ４８ ６８１２と“ツートントリオ”を組んで運転、伊勢車両区のキハ４０系では最初で最後の“ツートントリオ”で運転された。
ＪＲ東海キハ４０系最後の砦となった伊勢車両区のキハ４０系は紀勢線亀山－新宮間と参宮線で運用しているが、２０１５年５月から紀勢線・参宮線向け２代目キハ２５系２次車の新製投入が開始され２０１５年８月１日から営業運転を開始、段階的に置き換えが進められ２０１６年３月に実施が予定されるダイヤ改正時に完全引退することが決定している。
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ＪＲ東海のキハ４０系の完全引退はＪＲ東海から２１１系０番代車を除く国鉄形車両が完全に消滅することを意味するものとなった。次記事からはＪＲ東海のキハ４０系に施工された各種改造工事の概要と全１６種類が存在した形式・番台区分について紹介していくこととする。