キハ４８形６０００番代車はキハ４８形の準寒冷地仕様車でトイレなしのキハ４８形１０００番代車２両に対してエンジン・液体変速機を換装したグループとなります。
エンジンはＣ－ＤＭＦ１４ＨＺＢへ換装、液体変速機はＣ－ＤＷ１４Ａへ換装されています。
なお冷房改造はエンジン・液体変速機換装前の１９９９年度に全般検査併施でサブエンジン式冷房装置を搭載する方式で実施されました。
一方、キハ４８形６３００番代車は１番代区分１両のみの在籍で、１９９７年度にエンジン・液体変速機の換装を実施したキハ４８ ６００２に対して２０００年度にワンマン化改造を実施、改番されたものです。
ワンマン化改造に際して乗務員室仕切戸改造・運転席背面仕切窓新設・デットマン装置新設・戸閉回路変更・車内確認用ルームミラー新設・自動放送装置新設・運賃箱新設・運賃表示器新設・整理券発行機新設・車外スピーカー新設が実施され、客室とデッキの仕切り壁が撤去されました。
また電気式半自動ドア化も同時に実施され、車内外にドア開閉用押しボタンが新設されたほか、後位側４位のジャンパ連結器の交換（ＫＥ５３形２基からＫＥ９４形１基に交換）が実施されるとともに、後位妻面４位に設けられたＫＥ９１形電気連結器取付スペースにＫＥ９４型栓納めが取り付けられました。
キハ４８形６０００番代車とキハ４８形６３００番代車は伊勢車両区に配置され、紀勢線亀山－新宮間と参宮線多気－伊勢市間で運用されましたが、２０１５年７月初旬にキハ４８ ６００１が運用離脱、２０１５年７月３１日付で廃車となったためキハ４８ ６３０２を残すのみとなりました。改番履歴は下記の通りです。
・キハ４８ １００１→キハ４８ ６００１
・キハ４８ １００２→キハ４８ ６００２→キハ４８ ６３０２
↑キハ４８ ６００１ 当車は２０１５年７月初旬で運用離脱、２０１５年７月３１日付で廃車となりました。
２０１５年６月１４日 紀勢線津／２０１５年５月３１日 紀勢線松阪
↑キハ４８ ６３０２の車内 ２０１５年６月２１日 紀勢線多気