キハ48形6500番代車はキハ48形の寒冷地仕様車でトイレなしのキハ48形1500番代車17両に対してエンジン・液体変速機の換装を実施したグループとなります。
エンジンはC-DMF14HZBへ換装したほか、液体変速機はC-DW14Aへ換装されています。
なお冷房改造はエンジン・液体変速機換装前の1988年度から1991年度にかけて全般検査併施でサブエンジン式冷房装置を搭載する方式で実施されました。
キハ48形6500番代車は種車の製造時期により前期型と後期型に大別されます。前期型はキハ48 6501~6505の5両が該当し、側面前位寄縦樋が外付け式となるのが特徴です。一方後期型はキハ48 6506~6517の12両が該当し、側面前位寄縦樋が乗務員室付近に内蔵する方式へ変更されています。
また後期型のうち、キハ48 6506・6507・6511~6513の5両は武豊線のワンマン運転用としてエンジン・液体変速機換装前の1991年度下期から1992年度にかけてワンマン化改造が実施されました。
ワンマン化改造に際して乗務員室仕切戸改造・運転席背面仕切窓新設・車内確認用ルームミラー新設・デットマン装置新設・戸閉回路変更・運賃箱新設・運賃表示器新設・整理券発行機新設・車外スピーカー新設が実施され、客室とデッキの仕切り壁が撤去されました。
一方キハ48形6800番代車はキハ48形6500番代車にワンマン化改造を実施したグループで、武豊線のワンマン運転用としてワンマン化改造を実施したキハ48 6506・6507・6511~6513の5両を1999年度に改番して登場したのを皮切りに2003年度までに14両が改造で登場、一方でキハ48形6500番代車は3両にまで減少しました。
なおキハ48形6800番代車のうち武豊線のワンマン運転用として改造された5両を除き、ワンマン化改造併施で戸閉回路の変更と電気式半自動ドア化も実施され、車内外にドア開閉用押しボタンが新設されたほか、後位側4位のジャンパ連結器の交換(KE53形2基からKE93形1基へ交換)が実施されるとともに、後位妻面4位に設けられたKE94形電気連結器取付スペースにKE93形栓納めが取り付けられました(武豊線のワンマン運転用として改造された5両については改番に合わせて戸閉回路の再変更と電気式半自動ドア化・ジャンパ連結器の交換を実施)。
またキハ48 6502は2011年12月に全般検査を実施した際に、キハ48 6812は2011年6月に全般検査を実施した際にそれぞれ旧国鉄一般型気動車標準色風塗装へ変更されました。
キハ48形6500番代車は2014年度首で美濃太田車両区に2両・伊勢車両区に1両、キハ48形6800番代車は美濃太田車両区に10両・伊勢車両区に4両が分散配置されていましたが、2014年12月にキハ48 6805・6807・6808・6811の4両が、2015年3月14日実施のダイヤ改正時にキハ48 6803・6813の2両がそれぞれ運用離脱、さらに2014年6月30日でキハ48 6808・6814・6815・6517の4両が運用離脱したため2015年8月1日時点でキハ48 6501・6502・6804・6809・6810・6812・6816の7両を残すのみとなりました。改番履歴は下記の通りです。
・キハ48 1515→キハ48 6501
・キハ48 1516→キハ48 6502
・キハ48 1517→キハ48 6503→キハ48 6803
・キハ48 1518→キハ48 6504→キハ48 6804
・キハ48 1519→キハ48 6505→キハ48 6805
・キハ48 1523→キハ48 6506→キハ48 6806
・キハ48 1524→キハ48 6507→キハ48 6807
・キハ48 1525→キハ48 6508→キハ48 6808
・キハ48 1526→キハ48 6509→キハ48 6809
・キハ48 1527→キハ48 6510→キハ48 6810
・キハ48 1528→キハ48 6511→キハ48 6811
・キハ48 1529→キハ48 6512→キハ48 6812
・キハ48 1530→キハ48 6513→キハ48 6813
・キハ48 1531→キハ48 6514→キハ48 6814
・キハ48 1536→キハ48 6515→キハ48 6815
・キハ48 1537→キハ48 6516→キハ48 6816
・キハ48 1538→キハ48 6517
2015年4月12日 高山線坂祝/2015年5月3日 高山線坂祝
2015年6月21日 紀勢線津/2015年6月21日 参宮線伊勢市
2015年3月21日 高山線坂祝
2015年5月24日 紀勢線多気
2015年4月4日 高山線坂祝
2015年6月28日 紀勢線多気