ここからはＪＲ東海に在籍したキハ４０系の全番台区分について紹介していきます。ＪＲ東海のキハ４０系は国鉄からキハ４０形１４両、キハ４７形５両、キハ４８形４０両の計５９両が承継、その後実施されたエンジン換装やワンマン化改造などで車両仕様が複雑化し、３形式で全１６種の番台区分が存在しました。
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キハ４０形３０００番代は当時伊勢運転所に配置されていたキハ４０形２０００番代車に対してエンジン・液体変速機換装とインバータクーラーを使用した冷房改造を実施したグループで、１９８９年度から１９９０年度にかけて６両が改造されました。
エンジンはカミンズ製のＣ－ＤＭＦ１４ＨＺ（３５０ＰＳ／２，０００ｒｐｍ）へ換装、併せて液体変速機は直結２段式のＣ－ＤＷ１４Ａへ換装し、加速性能の向上と走行性能の向上が図られました。
なおブレーキ装置については在来車両との併結に対応するため、ＣＬＥ空気ブレーキのままとされました。
冷房改造は能力１６，０００ｋｃａｌ／ｈのインバータクーラー：Ｃ－ＡＵ７１１Ｄを屋根上に２基搭載する方式で行われ、車内天井中央部に冷風ダクトを設置、ダクトから冷風を吹き出す方式としました。
また冷房用電源としてはエンジンに直結した充電発電機からＤＣ６００Ｖを得る方式としました。
本グループの車番は元番号に３０００をプラスし、キハ４０形５０００番代としましたが２０００年度に車番整理と改番が実施され、キハ４０形３０００番代へ改番されました。改番履歴は下記の通りです。
・キハ４０ ２０３０→キハ４０ ５０３０→キハ４０ ３００１
・キハ４０ ２０３１→キハ４０ ５０３１→キハ４０ ３００２
・キハ４０ ２０３２→キハ４０ ５０３２→キハ４０ ３００３
・キハ４０ ２０５８→キハ４０ ５０５８→キハ４０ ３００５
・キハ４０ ２１２９→キハ４０ ５１２９→キハ４０ ３０１０
なおキハ４０ ３００１～３００３の３両はＪＲ西日本のロングシート化改造車と番台区分・車番が重複していました。
キハ４０形３０００番代車は５両全車が伊勢車両区に配置、２０１１年６月に全般検査を実施したキハ４０ ３００５では旧国鉄一般型気動車標準色風塗装へ変更されましたが、２０１５年７月１３日をもってそのキハ４０ ３００５が運用から離脱、２０１５年７月３１日付で廃車となったため現有車は４両となりました。
↑キハ４０ ３００５ 当車は２０１１年６月に実施された全般検査時に旧国鉄標準型気動車色風塗装へ変更されました。当車は２０１５年７月１３日で運用離脱、２０１５年７月３１日付で廃車となりました。
２０１５年５月３１日 紀勢線津／２０１５年５月２３日 紀勢線津
↑キハ４０ ３０１０ 当車はキハ４０ ２１２９として美濃太田機関区に新製配置、１９８９年３月に伊勢運転所へ転属しており、前面方向幕左側には棒状の列車無線アンテナを差し込むための台座がそのまま残されていました。
２０１５年５月２３日 紀勢線津／２０１５年５月２４日 紀勢線津
一方キハ４０形３３００番代車は１番代区分１両のみの在籍で、キハ４０形５０００番代でただ１両のみワンマン化改造を受けたキハ４０ ５０５９を１９９９年度に改番したものとなります。改番に合わせて戸閉回路の変更と電気式半自動ドア化が実施され、戸袋付近にドア開閉用押しボタンが新設されたほか、１－３位側のジャンパ連結器がＫＥ５３形２基からＫＥ９３形１基に交換されており、１位側前面にはＫＥ９３型栓納めが追設されました。
改番当初は美濃太田運輸区に配置されて高山線・太多線で運用されていましたが、２０００年３月に伊勢運輸区へ転出しています。
なおキハ４０ ３３００番代車は２０１５年度首時点で予備車となっているため営業運転に入る機会は限定的なものとなっており、撮影者泣かせの１両となっています。改番履歴は下記の通りです。
・キハ４０ ２０５９→キハ４０ ５０５９→キハ４０ ３３０６