キハ４０形６３００番代車はキハ４０形の暖地向け仕様車：キハ４０形２０００番代車のうち、当時美濃太田車両区に配置されていた６両に対してエンジン・液体変速機を換装したグループとなります。
エンジンはＣ－ＤＭＦ１４ＨＺＢへ換装したほか、液体変速機はＣ－ＤＷ１４Ａへ換装されています。
なお冷房改造はエンジン・液体変速機換装前の１９９０年度から１９９１年度にかけて全般検査併施でサブエンジン式冷房装置を搭載する方式で実施されました。
本グループの６両は当初キハ４０形６０００番代車として竣工しましたが、１９９９年１２月４日実施のダイヤ改正で高山線美濃太田－高山間でワンマン運転が開始されるのにあたり、ワンマン対応車が不足したため１９９９年度に６両全車に対してワンマン化改造を実施、併せて戸閉回路の変更と電気式半自動ドア化、１－３位側のジャンパ連結器の交換（ＫＥ５３形２基からＫＥ９３形１基へ交換、同時に１位側前面にＫＥ９３形栓納めを新設）が実施され、キハ４０形６３００番代に改番されキハ４０形６０００番代車は廃区分番台となりました。
１９９９年１２月４日実施のダイヤ改正時点ではキハ４０ ６３０４・６３０８の２両が伊勢運輸区に、残りの４両が美濃太田運輸区に配置されましたが、２０００年３月のダイヤ改正時に車両差し替えが実施され、キハ４０ ６３１１が伊勢運輸区配置となったほかは美濃太田運輸区に配置されました。
またキハ４０ ６３０９は２０１１年６月に全般検査を実施した際に旧国鉄一般型気動車標準色風塗装へ変更されました。
キハ４０形６３００番代車は６両が在籍していましたが、２０１４年１１月３０日でキハ４０ ６３０４が廃車（車籍上は２０１５年度初頭に廃車）、２０１５年６月３０日で４両が運用離脱、２０１５年７月末までに廃車となったため伊勢車両区のキハ４０ ６３１１を残すのみとなりました。
なおキハ４０ ６３１１は２０１５年度首時点で予備車となっているため営業運転に使用される機会は限られており、撮影者泣かせの１両となっています。改番履歴は下記の通りです。
・キハ４０ ２０５７→キハ４０ ６００４→キハ４０ ６３０４
・キハ４０ ２１１１→キハ４０ ６００７→キハ４０ ６３０７
・キハ４０ ２１１２→キハ４０ ６００８→キハ４０ ６３０８
・キハ４０ ２１１３→キハ４０ ６００９→キハ４０ ６３０９
・キハ４０ ２１３０→キハ４０ ６０１１→キハ４０ ６３１１
・キハ４０ ２１３１→キハ４０ ６０１２→キハ４０ ６３１２
↑キハ４０ ６３０７ 当車は２０１５年６月３０日で運用離脱、２０１５年７月２７日付で廃車となりました。
２０１５年６月２８日 高山線鵜沼／２０１５年３月２９日／２０１５年６月２７日 高山線坂祝
↑キハ４０ ６３０９ 当車は２０１１年６月に実施された全般検査時に旧国鉄一般型気動車標準色風塗装に変更さました。当車は２０１５年６月３０日で運用離脱、２０１５年７月２９日付で廃車となりました。
２０１４年８月３０日 高山線坂祝／２０１５年５月６日 高山線坂祝
↑キハ４０ ６３１２ 当車は２０１５年６月３０日で運用離脱となり、２０１５年７月７日付で廃車となりました。
２０１５年３月２１日 高山線坂祝