キハ４７形５０００番代車とキハ４７形６０００番代車はＪＲ東海では５両のみの在籍であったキハ４７形の暖地向け仕様車：キハ４７形０番代車２両とキハ４７形１０００番代車３両に対してエンジン・液体変速機を換装したグループとなります。
エンジンはＣ－ＤＭＦ１４ＨＺＢへ換装したほか、液体変速機はＣ－ＤＷ１４Ａへ換装されています。
なお冷房改造はエンジン・液体変速機換装前の１９８９年度から１９９１年度にかけて全般検査併施でサブエンジン式冷房装置を搭載する方式で実施されました。
キハ４７形５０００番代車はキハ４０系の新製第１陣として１９７７年に新製されたキハ４７形０番台初期車を種車としており、角形の水タンクや大型のシャッター付タイフォン、スカートの開口部形状など初期車特有の形態を持っていました。
キハ４７形５０００番代車とキハ４７形６０００番代車は名古屋車両区に配置され武豊線の朝ラッシュ時の輸送力列車で運用、１９９９年１２月４日実施のダイヤ改正時に美濃太田運輸区へ５両全車が転属、高山線岐阜－飛騨金山間と太多線で運用されましたが、２０１５年３月１４日実施のダイヤ改正時に５両全車が運用離脱、２０１５年４月初旬までに廃車となって廃区分番台となり、ＪＲ東海からキハ４７形が形式消滅となりました。改番履歴は下記の通りです。
・キハ４７ ３→キハ４７ ５００１
・キハ４７ ４→キハ４７ ５００１
・キハ４７ １０２７→キハ４７ ６００１
・キハ４７ １１０９→キハ４７ ６００２
・キハ４７ １１１０→キハ４７ ６００３
↑キハ４７ ５００１ 当車は２０１５年３月１３日で運用離脱、２０１５年３月２３日付で廃車となりました。
２０１４年１１月３０日 太多線姫／２０１４年８月３０日 高山線坂祝
↑キハ４７ ５００２ 当車は２０１５年３月１３日で運用離脱、２０１５年３月２３日付で廃車となりました。
２０１４年１１月３０日 高山線岐阜
↑キハ４７ ６００２ 当車は２０１５年３月１３日付で運用離脱、２０１５年３月２３日付で廃車となりました。
２０１４年１１月３０日 高山線岐阜